Nel 1939 la Innocenti, che Starace durante la visita del 27 ottobre 1939 dichiarò "modello di stabilimento fascista" era infatti un proiettificio. Il 90% della manodopera veniva impiegata infatti nella produzione bellica.

Nel 1939 gli operai della Innocenti impiegati nella produzione di proiettili era solo il 5,5% del totale delle industrie italiane di munizioni, ma produceva il 17% del totale dell'industria meccanica. L'Innocenti triplicò gli impianti in 4 anni e decuplicò la produzione con 36.000 proiettili al giorno nel 1943.

Gli addetti negli stabilimenti di Milano che erano circa 800 nel 1938 diventarono 2000 nel 1940, 3000 nel 1941, 6000 nel 1942 e oltre 7000 nella primavera del 1943, per lo più operai senza qualificazione e per il 50% composto da donne.

I profitti ammontavano a L. 2.119.000 nel 1939; a L. 4.231.500 nel 1940; a L. 10.118.500 nel 1941; a L. 12.298.000 nel 1942 e a L. 10.832.000 all'8 settembre 1943. La riserva ordinaria ammontava a 2.200.000, quella straordinaria a 8.468.000 L'11 marzo 1940 l'assemblea aumentò il capitale da 20 a 50 milioni, 1'8 aprile 1941 da 50 a 100 milioni.

Gli aumenti presero corpo dalla emissione di 80.000 azioni da 1.000 lire cad. Gli azionisti da 12 ridivennero 3 (80% Ferdinando Innocenti, 15% Rosolino Innocenti, 5% Paolo Missiroli).
L'Assemblea dell'11/3/1940 elesse, per motivi di riconoscenza, nel consiglio di amministrazione, Edmondo Balbo (il fratello di Italo Balbo) i due Innocenti e Paolo Missiroli.

Nel 1942 Innocenti sentì la necessità di scindere la società in due: la Lambro e la Innocenti ATA (Applicazioni Tubolari Acciaio); la prima per gestire gli stabilimenti, la seconda per commercializzare i prodotti. Gli eventi bellici del 1943 consigliarono Innocenti di soprassedere e con l'assemblea del 29/4/1943 conferiva a Innocenti le cariche di presidente, amministratore delegato e direttore generale della società.

Dopo l'8 settembre anche la Innocenti non si sottrasse alle traversie dell'occupazione militare tedesca anche se con notevole resistenza dall'interno.

La produzione bellica non e' mai venuta a mancare. Ferdinando Innocenti da Roma seguiva da vicino gli eventi che coinvolgevano la fabbrica e intratteneva costruttivi ed equilibrati rapporti politici tra tedeschi, RSI, CLN e forze democratiche; tanto meno fece mancare aiuti in denaro alle forze partigiane tanto che il gen. Poletti era entusiasta della brillante collaborazione di Ferdinando Innocenti e anche per questi meriti non venne in seguito epurato dalle Forze Alleate.

Certamente da Roma già intravedeva l'eventuale ripresa industriale dopo la fine della guerra ed in questa ottica cercava di mantenere gli impianti più integri possibile per il rilancio. Non fu per caso che i bombardamenti alleati, su precise sue informazioni, colpirono solo reparti isolati di produzione bellica di poco valore, salvando i complessi industriali più importanti.

Anche la diminuzione della produzione andava nel giusto verso in quanto le materie prime accantonate serviranno in gran parte a coprire le spese di ricostruzione. Cessata la guerra Ferdinando Innocenti ritorna a Milano e, convocata una assemblea dei lavoratori, riesce a conquistare la loro collaborazione, dando così inizio al piano di riconversione.